中国安阳食管癌遗传变异亚克隆进化和突变印记研究

JI 研究项目: 消化

食管癌(EC),特别是食管鳞状细胞癌(ESCC),具有重大的医学和科学挑战性。2018年全球食管癌新发病例超过57万,中国占全球EC病例的50%以上。中国北方,尤其是河南安阳农村一带是食管癌发病率最高的地区之一,但目前尚不清楚这些显著的地理变异背后的遗传和环境因素。ESCC早期发现困难,预后较差。而食管癌在不同人群中的主要亚型及同一肿瘤内部不同细胞的生长、转移模式与治疗反应目前仍然未知,阻碍了有效预防,准确诊断,个性化治疗和新药开发。利用PKUHSC具备的独特强大的临床资源,高通量基因组分析功能,以及密西根医学的强大统计分析专业知识,该合作提出通过比较同一肿瘤不同空间位置的基因组改变来表征肿瘤内异质性,并将其与周围正常组织以及附近淋巴结中的转移性肿瘤进行综合比较。结果将揭示每位患者的主要基因改变和进化途径。研究将分析肿瘤内区域变异以揭示关键驱动事件的时间进展顺序,包括从正常组织到原发肿瘤以及转移淋巴结。阐明ESCC中的体细胞突变来源将有助于解决有关导致ESCC的流行病学因素的长期争议。本研究将利用我们两个机构的互补优势,并有望对ESCC的肿瘤内部进化和基因组多样性产生新的机制见解。

成果:

  • 两名北京大学医学部博士生至密西根大学医学院Jun Li教授课题组进行交流学习和培训。
  • 对146个食管癌样品进行了高密度SNP基因分型和外显子组测序,相关研究结果发表多篇SCI论文。

基因分型和外显子组测序,相关研究结果发表多篇SCI论文。 发表文章:

  1. Yuan W, Liu Z, Lei W, Sun L,... Li JZ, Yang K ( June 27, 2017). Mutation landscape and intra-tumor heterogeneity of two MANECs of the esophagus revealed by multi-region sequencing. Oncotarget.
  2. Li J, Yan S, Liu Z, … Ke Y. Multiregional sequencing reveal genomic alterations and clonal dynamics in primary malignant melanoma of the esophagus. Cancer Research. 2018;78(2):338-347